ในการบริหารงานสำนักงานอธิการบดี มีผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดี เป็นผู้บริหารสูงสุด กำกับดูแลกองและโครงการจัดตั้งกองซึ่งมีผู้อำนวยการกอง เป็นผู้บริหารภายใต้การกำกับดูแลของผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดี มีการแบ่งส่วนราชการเป็นไปตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในของมหาวิทยาลัยราชภัฏสุราษฎร์ธานี พ.ศ. 2549 ลงวันที่ 23 มิถุนายน พ.ศ. 2549 ซึ่งมีการแบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี เป็น 3 กอง คือ กองกลาง กองนโยบายและแผน และกองพัฒนานักศึกษา ระยะต่อมาภารกิจของสำนักงานอธิการบดีในด้านการบริหารจัดการภายในมหาวิทยาลัยมีเพิ่มและกว้างมากขึ้น จึงได้มีการแบ่งส่วนราชการตามประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏสุราษฎร์ธานี (ประกาศโดยสภามหาวิทยาลัย) กำหนดให้มีหน่วยงานระดับกองเพิ่มเติมอีก 2 กอง ได้แก่ กองคลัง และกองการเจ้าหน้าที่